明清时期，营山当地人重视教育，大兴办学之风，乡村办学堂，县城建书院。由于当时年久失修，多所书院遭到损毁。公元1826年，新任知县夏文臻，建一上任便“首以人才为念”，当“询知邑无书院兼乏考棚”，目睹来县参加考试的一千六七百童生，“备桌凳而来者，拥塞公门，一遇霖雨，苦不可状”，便商议士绅，按粮捐输。最终，云凤书院建成。
从云凤书院曾走出6位进士，其中最著名的一位进士叫蔡镇藩。
营山当地流传着这样一个传说，蔡镇藩家住营山县郊外，那一年蔡镇藩才十二三岁，聪明好学，跟随大哥诵读经史。一天，一位学院大人到营山县城云凤书院巡视，学院大人坐着轿子，左右有很多随从侍卫，当地很多老百姓见到轿子过来都躲得远远的，只有蔡镇藩初生牛犊不怕虎，他偏偏要凑过去看个究竟，结果就挡住了学院大人的去路。随从呵斥蔡镇藩，想要撵他走，蔡镇藩说：“有什么看不得，大家都是人，我就是要看看。”没想到，轿子竟然停了下来，学院大人从轿子中走下来，也想看看是谁这么大胆子。蔡镇藩见学院大人下轿，他很有礼貌，赶紧上前行礼。学院大人见蔡镇藩聪明伶俐，又很懂礼数，决定出个对联考考他，学院大人说上联：小童子黑发并肩，蔡镇藩一听马上就对出下联：大老爷洪福齐天。学院大人一听，觉得蔡镇藩小小年纪，竟如此知书达理，是个可造之才。不久，蔡镇藩被特招进入云凤书院读书。进入学堂，蔡镇藩更加勤奋学习，20岁时就考中举人。清光绪十八年(公元1892年)，蔡镇藩会试入京，连捷成进士，选翰林院庶吉士，授吏部主事。
新中国成立后，云凤书院先后成为营山师范附小、云凤实验小学的重要组成部分，后被改作云凤实验小学幼儿园。1987年2月，云凤书院被公布为县级文物保护单位。
为了保护这座有着190年历史的书院，营山县将云凤实验小学幼儿园从书院搬出另建。同时，营山县结合南北两河综合整治工程，对云凤书院进行了修缮，与北门河景观打造融为一体，并安排专人进行管护。修缮一新的云凤书院，通过“进士之乡”牌坊、书院广场、读书廊、轩、碑亭、影壁、砚池、桥和仪门把区域景观串联起来，提升了书院的景观效果。
